Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Alors que Jin Kazama et son père, Kazuya Mishima, se livrent une guerre sans répit par corporations interposées, Anna Williams, la sœur machiavélique de Nina et bras droit de Kazuya, décide de prendre la situation en main. Elle parvient à mettre Ling Xiaoyu de son côté, l’obligeant à pister un mystérieux lycéen qui se révèle être un ancien camarade de Jin : Shin Kamiya. Mais dans ce lycée ultra-moderne de Kyoto, Alisa Boskonovitch, jeune fille extravagante, veille sur Shin. Xiaoyu parviendra-t-elle à découvrir le secret qui lie Jin et Shin ? Et qui est cette mystérieuse Alisa dont le nom de famille intrigue au plus haut point ?

Dans le village de Konoha, deux années après la 4ème grande guerre des ninjas, Naruto s’apprête à célébrer la fête de l’hiver entouré d’Hinata et de ses amis. Soudain, une météorite déchire la nuit de son intense lumière et voilà que la lune se rapproche anormalement de la Terre. Le Conseil des Kage se réunit en urgence face à cette menace de destruction de la planète ! Pour Naruto, Sakura, Shikamaru, Saï et Hinata le compte à rebours pour sauver la planète a commencé.