Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…

Froid comme le métal de son fusil à lunettes, Duke Togo, alias Golgo 13, accepte une nouvelle mission : éliminer Quenn Bee, une beauté fatale chef d'un mouvement révolutionnaire, avant qu'elle ne tue un candidat à la présidence. Un contrat d'autant plus délicat que le temps presse, que les choses ne sont pas aussi simples qu'elles en ont l'air et que le tueur et sa cible tissent des liens passionnels au centre d'apocalyptiques fusillades.

La galaxie est divisée en deux factions opposées : l’Empire galactique et l’Alliance des planètes libres. Le film suit l’affrontement extérieur et les rivalités internes des troupes des deus plus grands commandants dans les deux camps, Reinhart Von Musel pour l’Empire et Yan Wanglee pour l’Alliance.