Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.

Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

Ito Kaiji est un jeune homme de 26 ans qui vit au jour le jour et travaille à mi-temps dans une épicerie. Il ne l’admet pas, mais il est le loser typique de nos sociétés actuelles. Un jour, une femme nommée Rinko Endo vient le voir pour lui demander de rembourser une dette qu’il aurait contractée avec un ami. Kaiji n’a aucun moyen de rembourser cet argent. Endo lui propose alors un marché : s’il embarque sur un mystérieux bateau, il pourra non seulement rembourser sa dette mais en plus devenir très riche. Kaiji se retrouve à bord du bateau entouré de losers endettés comme lui: ils sont tous pris au piège dans un jeu cruel. S’ils gagnent, leurs dettes seront couvertes, si ce n’est pas le cas, ils perdront toute leur dignité et seront condamnés aux travaux forcés: « Seule la victoire compte, si vous perdez, vous êtes bons à jeter ». Les joueurs vont être pris dans un jeu macabre où ils devront faire face aux pires dangers pour rester vivants…