Un mystérieux groupe de ninja attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre guerre mondiale ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.

Bienvenue dans l’ancien Disboard où les 10 règles du jeu n’existaient pas encore. La guerre consume le monde, scinde les paradis, détruit les étoiles et menace même la race humaine. Au milieu de ce chaos, un jeune homme du nom de Riku essaye de mener l’humanité vers un lendemain auquel il croit fermement. Un jour, dans les ruines d’une cité Elfique, il trouve Schwi, une androïde « ex-machina » qui souhaite comprendre le cœur des Hommes. Leur rencontre va changer le cours de l’histoire…