Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer...

Masao s'ennuie. Il habite Tokyo avec sa grand-mère qui travaille toute la journée. Grâce à une amie de cette dernière, Masao rencontre Kikujiro, un yakusa vieillissant avec lequel il part à la recherche de sa mère, qu'il ne connait pas et qui vit au bord de la mer.

Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d’une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu’il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l’est par elle. Le petit garçon lui promet de la protéger et de s’occuper d’elle, mais le père de Ponyo, Fujimoto – un sorcier autrefois humain qui vit tout au fond de la mer – la force à revenir avec lui dans les profondeurs. Bien décidée à devenir humaine, Ponyo s’échappe pour retrouver Sosuke. Mais avant de prendre la fuite, elle répand l’élixir magique de Fujimoto, l’Eau de la Vie, dans l’océan. Le niveau de la mer s’élève, et les sœurs de Ponyo sont transformées en vagues gigantesques qui montent jusqu’à la maison de Sosuke sur la falaise, et engloutissent le village…

Jiro est un étudiant en sciences qui n’a jamais eu de petites amies. Il a pris l’habitude de fêter ses anniversaires seul en s’offrant lui-même un cadeau et en déjeunant toujours dans le même restaurant. Mais pour cette année cette habitude ne sera pas respectée car un cyborg aux traits féminins venant du futur vient passer son anniversaire avec lui, avant de repartir quelques heures plus tard. L’année suivante, le cyborg revient cette fois pour lui sauver la vie.

Dans une province rurale du nord du Japon, à Yamagata, où Daigo Kobayashi retourne avec son épouse, après l'éclatement de l'orchestre dans lequel il jouait depuis des années à Tokyo. Daigo répond à une annonce pour un emploi "d'aide aux départs", imaginant avoir affaire à une agence de voyages. L'ancien violoncelliste s'aperçoit qu'il s'agit en réalité d'une entreprise de pompes funèbres, mais accepte l'emploi par nécessité financière. Plongé dans ce monde peu connu, il va découvrir les rites funéraires, tout en cachant à sa femme sa nouvelle activité, en grande partie taboue au Japon.

Anna, jeune fille solitaire, vit en ville avec ses parents adoptifs. Un été, elle est envoyée dans un petit village au nord d’Hokkaïdo. Dans une vieille demeure inhabitée, au cœur des marais, elle va se lier d’amitié avec l’étrange Marnie…