Kôichi, jeune écolier en quatrième année de primaire, découvre une pierre bien étrange dans le lit asséché d'une rivière et la rapporte à la maison. Alors qu'il décide de laver ce précieux trophée, un étrange animal en sort. Surprise, c'est un kappa, un esprit de l'eau.La famille de Kôichi appelle ce kappa Coo et décide d'en prendre soin. Toutefois, la rumeur de la présence de Coo ne tarde pas à se propager et toute la ville ne parle plus que de lui. Coo, inquiet d'ennuyer la famille de Kôichi, décide de partir. L'aventure de Coo à la recherche d'autres kappa commence.

Dans le Japon de l'après-guerre, à Suo, une ancienne capitale vieille de mille ans, au printemps 1955, une petite fille de neuf ans nommée Shinko s'amuse à imaginer le monde tel qu'il était il y a mille ans, grâce aux histoires de son grand-père qu'elle affectionne. Une nouvelle élève timide et réservée, Kiiko Shimazu, est transférée en cours d'année dans son école. Les deux fillettes vont se lier d'amitié et partager d'inoubliables expériences, grâce à la Magie Millénaire.

L'âme d'une personne morte arrive à la gare de train de la mort. Là, un esprit nommé Pura Pura l'informe qu'elle a de la chance : elle a gagné la grande loterie céleste, et va donc avoir une seconde chance parmi les vivants. L'âme est réincarnée dans le corps d'un jeune garçon de 14 ans, Makoto Kobayashi, qui vient de se suicider mais se réveille alors miraculeusement à l'hôpital. L'âme n'est réincarnée que pendant un temps limité, durant lequel elle doit réussir à déterminer quel a été son pire péché au cours de sa vie passée. Elle doit aussi apprendre ce qui a conduit Makoto au suicide et comment tirer parti au mieux de sa seconde vie. L'âme commence par ne pas prendre au sérieux cette nouvelle vie, mais se rend compte, au fil du temps, qu'elle risque de causer du mal non seulement à Makoto mais aussi à son entourage. Petit à petit, l'âme s'attache à Makoto et décide de tout faire pour remporter l'épreuve qui lui est imposée.