Dans une Angleterre uchronique, au XIXe siècle, Ray Steam est le fils de Edward et petit-fils de Lloyd, deux scientifiques inventeurs de machines à vapeur. Ils ne sont pas réapparus depuis plusieurs mois après leur départ pour l'Amérique, lorsqu'un colis contenant une boule métallique (la steamball) parvient au domicile de Ray et sa mère. Mais, deux hommes de la Fondation O'Hara qui financent les recherches des deux paternels, veulent s'en emparer...

XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.

Après la guerre contre la famille Kanayama, Kagemitsu Daigo arrive dans le Pavillon de l'Enfer et fait un pacte avec les 48 démons contre 48 parties du corps de Hyakkimaru, son fils, afin de conquérir le monde. Après la naissance de Hyakkimaru, ses parents ont tenté de le tuer mais ils l'abandonnent finalement dans un seau sur la rivière. Un médecin le retrouve et lui crée les parties du corps manquantes.