Chanteuse pop très populaire, Mima décide d’abandonner la scène pour devenir actrice. Sans regrets, elle quitte son groupe et accepte un petit rôle dans une série TV, déclenchant ainsi la colère de ses fans… et plus particulièrement celle de l’un deux. Le mystérieux “traqueur” passe à l’acte en dévoilant en détail la vie de Mima sur Internet, puis en menaçant ses proches. Des incidents violents se produisent et elle réalise que son existence se confond dangereusement avec la série dans laquelle elle joue. Mima sombre dans la schizophrénie tandis que les cadavres s’accumulent autour d’elle…

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis ses 3 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…

Yûta rentre au lycée et il n’a qu’une préoccupation, réussir son intégration. Et pour s’assurer que tout se passe comme il l’entend, il tire un trait sur son passé et tourne le dos au chûnibyô. Il s’agit d’un mal qui atteint certains adolescents : leur imagination débordante les transporte dans un univers fictif. Yûta renie sans hésiter son amour pour ce monde fantastique et délaisse Dark Flame Master, le héros aux pouvoirs surnaturels qu’il y incarnait. Rikka, sa nouvelle voisine de l’appartement du dessus, se retrouve dans sa classe. Elle est totalement atteinte par ce syndrome. Alors que Yûta est exaspéré par le comportement étrange de la jeune lycéenne, celle-ci est bien décidée à l’embarquer dans ses délires… Ce film reprend l'histoire de la saison 1 mais du point de vue de Rikka. Il contient quelques scènes supplémentaires ainsi qu'une fin qui fait le lien entre les saison 1 et 2.

Madoka Kaname, une collégienne ordinaire, ainsi que sa meilleure amie Sayaka Miki, se voient offrir la chance de pouvoir réaliser tous les voeux qu'elles souhaitent par le mystérieux Kyubey, ainsi que de devenir Magical Girls et d'affronter les sorcières. Toutefois, leur camarade Magical Girl Homura Akemi semble déterminée à empêcher Madoka de devenir une Magical Girl à tout prix. Puella Magi Madoka Magica le Film Partie 1: Au Commencement est une redite de la première moitié de la série animée.