Six ans après avoir triomphé des abominables Gremlins, ces petits monstres dévastateurs nés de la fourrure mouillée de Gizmo, une adorable peluche vivante, Billy Peltzer et sa fiancée Kate, installés à New York, ont trouvéé du travail dans le gigantesque building qui abrite les bureaux du milliardaire Daniel Clamp.
Beldar (Dan Aykroyd) et Prymaat (Jane Curtin) sont des émissaires de la planète Remulak venus pour conquérir la Terre. Une mauvaise manœuvre plonge leur navette dans l’East River, près de New York. Vites repérés, ils sont poursuivis par les agents de la sécurité nationale. Vivre comme un “petit crâne” dans la banlieue est leur stratagème pour survivre : un petit pavillon, un petit boulot et bientôt un petit… cône !
En fouillant dans la cave à la recherche d'une babiole à vendre sur le Net, Zak Gibbs découvre un beau jour une montre-bracelet capable d'accélérer le rythme de ses molécules. Grâce à elle, il entre dans une nouvelle dimension : l'hypertemps, et devient invisible aux yeux des gens ordinaires. Fasciné par sa découverte, Zak la fait partager à son amie Francesca et embarque avec elle pour un joyeux voyage hypertemporel. Mais les deux adolescents ne sont pas les seuls à naviguer dans cette dimension. Le puissant industriel Henry Gates est bien décidé à récupérer ce gadget expérimental, à le parachever et à le mettre au service de son rêve le plus cher : asservir le genre humain. Il enlève alors le père de Zak, un éminent physicien, pour l'obliger à mettre au point la montre. Aidé de Francesca et de Dopler, Zak se lance alors à la recherche de l'industriel afin de sauver son père.
La famille Newton est de plus en plus agacée par le manque de discipline de Beethoven. Les enfants décident alors de l'inscrire secrètement dans un centre de dressage. Lors d'une promenade au parc, Beethoven s'échappe et se retrouve confondu avec Michelangelo, un chien parfaitement dressé qui lui ressemble énormément.
Bob Razowski dit "Bob" et Jacques Sullivent dit "Sulli" sont inséparables, mais cela n’a pas toujours été le cas. Quand ils se sont rencontrés, ces deux monstres très différents se sont tout de suite détestés. Ce film révèle comment Bob et Sulli ont réussi à surmonter leurs différences pour devenir les meilleurs amis du monde.
3 ans après avoir rétréci ses enfants, Wayne Szalinski a retrouvé un poste dans un laboratoire du Nevada, où il travaille sur un rayon de dilatation des molécules au Nème degré. Mais le projet lui est retiré. Frustré, il va expérimenter le rayon chez lui et, par mégarde, transformer accidentellement son petit dernier, âgé de 2 ans, Adam, en un véritable Godzilla en culottes courtes...