Le cadavre d'une puissante femme d'affaire disparaît de la morgue en plein milieu de la nuit ! L'inspecteur en charge de la résolution de cette enquête découvre beaucoup d'éléments accablant le veuf de la victime... Il devient alors le suspect numéro un, mais petit à petit, le policier réalise que la vérité pourrait être plus complexe qu'elle n'y paraît.
Grâce à une technologie révolutionnaire qui révèle la mémoire génétique, Callum Lynch revit les aventures de son ancêtre, Aguilar, dans l'Espagne du XVème siècle. Callum découvre qu'il est issu d'une mystérieuse société secrète, les Assassins, et amasse les connaissances dont il aura besoin pour affronter une autre redoutable organisation : l'Ordre des templiers.