Hitomi est une solitaire, mal dans sa peau. Consciente de faire souffrir son entourage, elle voudrait juste disparaître. Comme un ange venu exaucer son vœu, un homme encapuchonné lui apparaît et lui prédit la réalisation de son souhait. Aspirée par de l’eau apparue comme par magie, elle reprend connaissance dans un autre monde, à l’intérieur du cockpit d’Escaflowne, puissante armure du roi dragon, Van.
Quelques années après les événements de l'OAV Armitage III, Naomi et Ross sont toujours ensemble et élèvent leur petite fille Yoko en vivant sous de fausses identités. Le gouvernement de Mars souhaite entamer la phase Zephyria du programme de terraformation qui achèvera le plan de colonisation en dotant la planète rouge de ses propres océans. D'un autre côté, les dirigeants de la Terre préférerait voir ce monde demeurer une colonie à leur botte...
Une série de révélations. Le passé de Shiki se dévoile peu à peu. Suite à une tentative de suicide, elle est hospitalisée. Pendant des mois, elle reste plongée dans un coma profond. Dans son combat contre la mort, Shiki lutte pour sauver ses deux personnalités. A son réveil, elle est plus seule que jamais car désormais elle possède un terrible don qui lui permets de voir ...La Mort.
Ce film reprend la seconde version de l'histoire du visual novel de Fate/stay night. Il est important d'avoir vu la série avant afin de cerner tous les aspects de l'œuvre. On retrouve donc dans ce film la guerre du Graal à laquelle Shirô Emiya, un garçon idéaliste, se trouve embarquer en tant que magicien et maître de Saber contre son gré. Il s'alliera rapidement avec Rin Tôsaka et son servant, Archer. L'histoire se concentre ici sur la relation entre Shirô, Rin et Archer.
Au crépuscule du 19e siècle, le Japon est traversé par une crise majeure qui signera la fin de l'époque d'Edo, l'ouverture du pays et le début de l'époque moderne. Les clans Satsuma et Chôshû s'allient pour renverser le shogunat des Tokugawa, au pouvoir depuis deux siècles, et aspirent à rétablir le régime impérial. Sur fond de luttes intestines, le Shinsengumi, un groupe de samouraïs resté loyal au shogun, se prépare à une guerre qui semble inévitable…
Un village est ravagé par une épidémie de peste. La kunoichi Kagero escorte une troupe de soldats envoyée sur place pour enquêter mais rapidement exterminée par Tessaï, un des 8 démons de Kimon. Kagero est sauvée in extremis de la mort par l’intervention de Jubei Kibagami. Ce dernier, rônin solitaire, est contraint par Dakuan, un agent du gouvernement, de combattre chacun des 8 démons de Kimon avec l’aide de Kagero. Jubei réalise progressivement que leur chef n’est autre que son pire ennemi, Himuro Genma qui a pour dessein de prendre le pouvoir au Japon...