Dans un XXVème siècle apocalyptique, une maladie a rayé la quasi-totalité de la population mondiale, à l'exception d'une ville fortifiée, Bregna, dirigée par une assemblée de scientifiques. Un groupe de rebelles vivant sous terre, les Monicans, emmené par The Handler envoie leur meilleur élément, Aeon Flux pour assassiner l'un des plus hauts dirigeants du pouvoir en place.

Robert Hansen, un jeune étudiant allemand d'une vingtaine d'années, organise une fête avec ses amis dans la demeure de son grand-père, un professeur spécialiste de la grippe aviaire qui a mystérieusement disparu. Ces malheureux jeunes gens vont découvrir que les oiseaux de la région sont porteur d'un virus qui les rend très agressifs et qui transforme leurs victimes en zombies assoiffés de sang.