Joe Colton et Roadblock rejoignent l'équipe d'élite des G.I. Joe pour affronter ensemble leur ennemi mortel : Cobra, une mystérieuse organisation terroriste. Mais le danger est partout. Les agents doivent également faire face à des menaces venant de l’intérieur du gouvernement, et qui mettent en péril leurs existences-mêmes. Les G.I. Joe arriveront-ils à déjouer le complot de leurs ennemis qui sont prêts à tout pour prendre le pouvoir sur le monde entier, y compris décimer Londres ?

Les oiseaux et les cochons continuent de se battre sans relâche. Mais la menace d’un nouvel adversaire vient perturber les voisins ennemis. Red, Chuck, Bombe et l’Aigle Vaillant recrutent Silver, la sœur de Chuck et s’associent aux cochons Léonard, son assistante Courtney et Garry (le geek), pour former une équipe improbable et tenter de sauver leurs foyers !