Un jour, un adolescent se réveille soudain dans le noir, menotté et coiffé d'un mystérieux masque de Loup. Au bout d'un couloir, 7 autres victimes terrifiées, enfermées dans une étrange salle de tribunal. Mais aucun d'entre eux n'est vraiment innocent. Coupables d'un crime resté impuni, tous incarnent un des 7 péchés capitaux : Gourmandise, Avarice, Paresse, Orgueil, Luxure, Envie et Colère. À la fois juges et bourreaux, ils devront choisir toutes les douze heures celui d'entre eux qui sera sacrifié.

C'est l'été. Mary vient d’emménager chez sa grand-tante dans le village de Manoir Rouge. Dans la forêt voisine, elle découvre une fleur mystérieuse qui ne fleurit qu'une fois tous les 7 ans. On l'appelle la "fleur de la sorcière". Pour une nuit seulement, grâce à la fleur, Mary possédera des pouvoirs magiques et pourra entrer à Endor, l’école la plus renommée dans le monde de la magie, qui s'élève au-dessus du ciel, au-delà des nuages. Le secret de la fleur de la sorcière se révélera à elle petit à petit…

Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses personnes. Au même moment, Gintoki reçoit une requête : il doit retrouver le voleur du Benizakura, un sabre qui serait maudit...

Maladroit et naïf, Miyamoto, jeune salaryman d’une entreprise de papeterie, tombe amoureux de l’énigmatique Yasuko. Celle-ci utilise Miyamoto pour se débarrasser d’un petit ami indésirable, mais finit par s’attacher au zèle de son admirateur. Alors que leur relation est mise à rude épreuve, Miyamoto s’enferme dans un cycle d’extrême violence pour sauver son honneur et reconquérir Yasuko.