En 1799, dans une bourgade de la Nouvelle-Angleterre, plusieurs cadavres sont successivement retrouves décapitées. Les têtes ont disparu. Terrifiés, les habitants sont persuadés que ces meurtres sont commis par un étrange et furieux cavalier, dont la rumeur prétend qu'il est lui-même sans tête. Les autorités new-yorkaises envoient alors leur plus fin limier pour éclaircir ce mystère. Ichabod Crane ne croit ni aux légendes, ni aux vengeances post-mortem. Mais, à peine arrivé, il succombe au charme étrange et vénéneux de la belle Katrina Van Tassel.
Alice, désormais âgée de 19 ans, retourne dans le monde fantastique qu'elle a découvert quand elle était enfant. Elle y retrouve ses amis le Lapin Blanc, Bonnet Blanc et Blanc Bonnet, le Loir, la Chenille, le Chat du Cheshire et, bien entendu, le Chapelier Fou. Alice s'embarque alors dans une aventure extraordinaire où elle accomplira son destin : mettre fin au règne de terreur de la Reine Rouge.