Six ans après avoir triomphé des abominables Gremlins, ces petits monstres dévastateurs nés de la fourrure mouillée de Gizmo, une adorable peluche vivante, Billy Peltzer et sa fiancée Kate, installés à New York, ont trouvéé du travail dans le gigantesque building qui abrite les bureaux du milliardaire Daniel Clamp.
Lorsque le chauffeur de taxi de New York Bugs Bunny ramasse la belle mais maladroite vendeuse de parfum Lola Bunny, il n'a aucune idée qu'il se lance dans la plus longue course de sa vie ! Lola a tenté de créer le prochain grand parfum... par inadvertance il s'est transformé en spray d'invisibilité et maintenant, tout le monde est à ses trousses..
Two-Face, le mystérieux maître du crime dont on ne connaît que le nom, se sert du Roi Tut comme d’un pion et lance une vague de crimes. Batman et Robin sont pris par surprise et tout Gotham City est menacé ! Bruce Wayne se doutera-t-il qu’un de ses plus proches amis est peut-être le plus grand ennemi de Batman ? Avec l’aide de Catwoman, les Justiciers Masqués arriveront-ils à découvrir la véritable identité de ce sournois truand Jekyll/Hyde avant qu’il ne découvre la leur ?