Au début du xvie siècle, le jeune noble espagnol Pedro De Vargas entre en conflit avec l'inquisiteur Diego de Silva. Pour se venger, celui-ci fait prisonnier Pedro avec sa famille sous l'accusation d'hérésie. Comme le père refuse d'avouer cette hérésie, De Silva fait torturer Mercedes, la petite sœur de Pedro, au point de la tuer. Mais Pedro va réussir à s'évader, après savoir mortellement blessé De Silva. Pour échapper aux poursuites, il se joint à l'équipée de Hernán Cortés qui, via Cuba, va conquérir le Mexique de Moctezuma
Après la défaite de Géronimo, l'Indien Massaï s'échappe du train qui conduit ses frères vers les réserves de Floride et continue à se battre seul contre les Blancs. Il se considère comme le seul Apache au monde. Un jeune Indienne l'accompagne dans sa lutte, souvent contre sa propre volonté. Elle est enceinte de lui. Massaï se met à cultiver le maïs, fasciné par l'exemple des Cherokees qui ont su rester libres et en bonne harmonie avec les Blancs grâce à l'agriculture. Massaï mène un dernier combat contre des militaires quand il entend les premiers cris de son enfant.
1909. Porfirio Díaz est à la tête du Mexique depuis 34 ans. Un groupe de paysans du Morelos est spolié de ses terres par des propriétaires terriens, exploitants de canne à sucre. Devant la condescendance du dictateur et son refus d'intervenir, Emiliano Zapata, aidé de son ami Pancho Villa (Alan Reed) et de son frère Eufemio (Anthony Quinn), décide de prendre la tête de la révolte et de faire triompher le bon droit des paysans.