À la mort de son grand-père, Jacob découvre l'existence d'un monde mystérieux. Plusieurs indices le mènent dans ce lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs... et leurs puissants ennemis. Finalement, Jacob découvre que seule sa propre « particularité » peut sauver ses nouveaux amis.

New York 1926. Une force mystérieuse sème le chaos dans les rues, menaçant de révéler l’existence de la communauté des sorciers. Au même moment, Norbert Dragonneau débarque dans la ville au terme d’un périple à travers le monde. Il a répertorié un bestiaire d’animaux fantastiques dont certains sont dissimulés dans sa valise. Mais quand Jacob Kowalski, Non‐Maj qui ne se doute de rien libère accidentellement quelques‐unes de ces créatures, ils vont devoir s’unir pour les retrouver avant qu’il ne soit trop tard. Ces héros improbables ne se doutent alors pas que leur mission les mènera à affronter les forces de ténèbres.

1927 : Quelques mois après sa capture, le célèbre sorcier Gellert Grindelwald s'évade comme il l'avait promis et de façon spectaculaire. Réunissant de plus en plus de partisans, il est à l'origine d'attaque d'humains normaux par des sorciers et seul celui qu'il considérait autrefois comme un ami, Albus Dumbledore, semble capable de l'arrêter. Mais Dumbledore va devoir faire appel au seul sorcier ayant déjoué les plans de Grindelwald auparavant : son ancien élève Norbert Dragonneau. L'aventure qui les attend réunit Norbert avec Tina, Queenie et Jacob, mais cette mission va également tester la loyauté de chacun face aux nouveaux dangers qui se dressent sur leur chemin, dans un monde magique plus dangereux et divisé que jamais.