Deux ans après s'être résolus à fermer la Mystère & Cie, le super-chien Scooby-Doo et ses amis Fred, Daphné, Sammy et Véra se retrouvent sur Spooky Island. Les 5 limiers au flair inimitable ont été appelés sur place après une cascade d'incidents paranormaux dans l'immense parc d'attractions de Spring Break. L'excentrique Émile Mondavarious, le maître de l'île, craint que le site ne soit réellement hanté, et compte sur la joyeuse bande pour résoudre au plus vite ces troublantes énigmes et mettre un terme à la fuite de sa richissime clientèle.Oubliant leurs petits désaccords, les cinq acceptent avec enthousiasme cette périlleuse mission. Faux esprits, monstres bidons, effets spéciaux... Scooby-Doo et ses copains croyaient avoir tout vu. Mais à Spooky Island, ils ne sont pas au bout de leurs surprises.

La matriarche Diane reçoit ses enfants et leurs conjoints pour un dernier Noël dans la maison familiale avant qu’elle ne la vende. Les choses se passent bien jusqu’à ce qu’un étrange inconnu se pointe à la porte, couvert de bandages de la tête aux pieds. Son nom est Cletus et il montre à Diane une lettre avec le mot « maman » gribouillé sur l’enveloppe. Il s’avère que la dame s’est fait avorter 20 ans auparavant et que durant l’opération, la clinique a été la cible d’un attentat par un fanatique, qui s’est enfui avec le fœtus à moitié mort, l’a soigné tant bien que mal et lui a transmis ses croyances religieuses fondamentalistes ! Aujourd’hui, le fanatique est mort, mais Cletus, maintenant une brute défigurée, a retrouvé sa mère et le reste de sa famille. Joyeux Noël !