Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’apprêtent à défier Shredder et son nouveau gang, ils doivent rapidement faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !

En plein hiver, quelque part dans le nord du Dakota, se trouve un prisonnier évadé. Assassin, considéré comme dangereux, l'homme fuit les autorités en courant dans de vastes étendues gelées. Au détour d'un bois, il rencontre un petit garçon malentendant. Celui-ci, spontanément, fait confiance au nouveau venu. L'évadé le raccompagne chez lui. A-t-il trouvé un lieu où se cacher, et si oui, à quel prix ?