Une entité d'origine extra-terrestre sans précédent se dirige vers la Terre en détruisant tout sur son passage. L'équipage de l'USS Enterprise est chargé de stopper ce nouvel ennemi. Alors que le capitaine Decker se prépare à diriger la mission, il est relevé de ses fonctions et remplacé par le fameux amiral Kirk, absent des commandes du vaisseau depuis trois ans...
À bord de l'USS Enterprise, vaisseau de la Fédération des Planètes Unies, l'amiral James T. Kirk accomplit une mission d'inspection de routine. Il reçoit un appel urgent du laboratoire spatial Regular One. Khan, brillant renégat et vieil ennemi de Kirk, s'est emparé d'un dispositif ultrasecret : le projet « Genesis ». À la tête d’une bande de surhommes génétiquement améliorés, Khan menace l’Univers entier…
En l'an 2000, toutes les armes à feu ont été bannies du territoire américain. Même les forces de l'ordre ne peuvent plus les utiliser, se contentant de nouveaux fusils paralysants. Cependant, tandis que Michael Knight pense jouir d'une retraite bien méritée, il apprend que des policiers ont été abattus par des armes supposées avoir été détruites. Michael est rapidement contacté par Devon Miles, qui lui demande d'intervenir. Il lui donne pour mission de mettre au point un nouveau bolide muni des derniers développements technologiques et de la mémoire de Kitt. Le K 4000 est sur le point de voir le jour, et de nouvelles aventures peuvent commencer...
Alors que Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'USS Enterprise escortent le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence où il doit signer un accord de paix avec l'Empire klingon, leur vaisseau est attaqué et le chancelier est abattu. Chang, un général Klingon, accuse Kirk, qu'il envoie en compagnie de McCoy sur l'astre de glace Rura Penthe. Spock ne dispose que de quelques jours pour sauver son ami et rétablir la paix menacée.