La petite Molly Hale a toujours mené une existence solitaire. Mais un jour, son père se volatilise mystérieusement alors qu'il mène des recherches sur les Zarbi, des Pokémon disparus depuis longtemps. La situation semble s’améliorer lorsque le pouvoir des Zarbi se met à transformer le monde autour d'elle en un univers fantastique. Elle se retrouve soudain dans un palais de cristal, avec le légendaire Entei comme père ! Une seule chose manque à son bonheur : une mère. Elle décide donc de jeter son dévolu sur la mère d'une autre personne, soit celle de Sacha, Delia Ketchum ! Sacha s'attendait à passer du bon temps dans la ville de Greenfield, mais il doit désormais explorer de vastes terres désolées recouvertes de cristal pour sauver sa mère adorée. Pierre, Ondine et Pikachu l'accompagnent dans son périple, qui s'annonce ardu : Molly veut rester dans son monde féerique à tout jamais et Entei fera tout en son pouvoir pour qu'elle y parvienne !

En sauvant Celebi, le Pokémon légendaire qui peut voyager dans le temps, des griffes d'un braconnier, le jeune Sammy est projeté dans le futur, à l'époque de Sacha et co. Avec l'aide de ses derniers, il part à la recherche du Pokémon fée pour pouvoir rentrer chez lui, mais c'est sans compter sur la présence d'un célèbre braconnier de la Team Rocket qui est lui aussi sur les traces du Pokémon temporel.

Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias.

La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel.

Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.

Sacha et ses amis font la connaissance d'Éric, le responsable de la résidence pour Pokémon. Nos héros visitent les lieux et sortent leurs Pokémon qui s'amusent avec tout les Pokémon du jardin. Sacha s'éloigne et rencontre deux Genesect dont un est rouge. Sacha et le Genesect chromatique ayant la capacité de parler comme les humains font connaissance et Sacha monte sur le dos de Genesect pour faire un petit tour. Tout en haut d'un immeuble, on voit Mewtwo avec un flashblack de son passé. Pendant ce temps, Genesect apprend qu'il est le fruit d'une expérience créée par la Team Plasma et qu'il existe quatre autres Genesect. Il devient fou et détruit toute la ville.

Dans le Royaume des Diamants souterrain, où de nombreux Strassie vivent, le Pokémon fabuleux Diancie en est le chef. Le Cœur de Diamant qui assure la pérennité du royaume s'éteint peu à peu et Diancie n'est pas encore suffisamment forte pour en créer un nouveau. Alors qu'elle recherche l'aide du Pokémon légendaire Xerneas, Diancie rencontre un groupe de voleurs voulant s'approprier sa capacité à créer des diamants et qui, par la même occasion, réveillent le Pokémon légendaire Yveltal et le tirent de son cocon ! Sacha et ses amis vont-ils parvenir à aider Diancie à découvrir son vrai pouvoir, arrêter la rage destructive d'Yveltal et sauver le Royaume des Diamants ?

Dans une ville déserte au bord de mer, Sacha, Pikachu et leurs amis rencontrent Hoopa, le Pokémon fabuleux qui a le talent de faire apparaître des personnes et des Pokémon grâce à ses anneaux magiques. Suite à un incident effrayant, une histoire ancienne leur apprend que les méfaits d'un Pokémon terrifiant ont été arrêtés il y a bien longtemps par un héros courageux. La menace, enfouie pendant de nombreuses années, est désormais prête à se déchaîner à nouveau ! Sacha peut-il aider son nouvel ami à surmonter son côté obscur... ou un secret dangereux va-t-il se transformer en un choc de légendes ?

Chaque année, à Fuura City, se tient un festival du vent. D'anciennes légendes disent que, le dernier jour de ce festival, le pokémon légendaire Lugia ferait son apparition. De nombreuses personnes participent au festival cette année : Lisa, une lycéenne qui débute en pokémon, Kagachi, un homme vantard qui ne peut s'empêcher de mentir, Torito un chercheur qui manque de confiance en lui, Hisui une vieille femme excentrique qui déteste les Pokémon et Largo, une fille mystérieuse qui se promène seule en forêt.

Ce film d’animation inédit vous dévoile pour la première fois les origines de la rencontre entre les légendaires Sacha & Pikachu et vous fait vivre leurs aventures trépidantes dans la quête de mettre la main sur le mystérieux Pokémon Ho-Oh. Le duo évolue autour des personnages emblématiques de la franchise, mais le film vous fait découvrir de nouveaux personnages, Trainers Verity et Sorrel, et même un étrange Pokémon qui répond au nom de Marshadow. Des défis hors du commun et des batailles épiques entre Pokémon foisonnent dans cette histoire unique portée par l’une des amitiés les plus aimées de la culture populaire, celle de l’intrépide Sacha et de l’énigmatique Pikachu.

Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo...

L'histoire du nouveau film se déroule dans la forêt d'Okoya, un paradis Pokémon protégé par des règles strictes qui interdisent aux étrangers de mettre le pied à l'intérieur. Le film se concentre sur Coco, un garçon qui a été élevé par Pokémon et se considère également comme un, traitant le Pokémon Mythique Zarude comme son père. Sasha et Pikachu rencontrent Coco lors d'une aventure.

Sacha, Ondine et Jacky arrivent sur l'île de Shamouti. Les habitants leur parlent d'une légende où trois oiseaux mythiques, Artikodin, Électhor et Sulfura, règnent sur leur île respective. Au même moment Gelardan, un collectionneur Pokémon, capture les oiseaux pour sa collection personnelle et modifie donc le climat naturel de la Terre pour faire apparaître le Gardien des Abysses, Lugia.