À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...

Tokyo, 2020. Shiori Genpo est une descendante de la famille Phantomhive et de Ciel qui avait passé un contrat avec le majordome démoniaque Sebastian Michaelis. Afin de remplir au mieux son rôle d’héritière, la jeune fille se fait passer pour un garçon et emprunte le nom de Kiyoharu. Dans cette époque, le monde est divisé entre l’Est et l’Ouest et Shiori travaille pour la Reine Occidentale. Elle reçoit pour mission d’enquêter sur une série d’enlèvements et de meurtres mystérieux. Des dizaines de politiciens occidentaux sont retrouvés momifiés avec une carte du Diable en signature. Pour l’épauler dans cette affaire, Shioriressent le besoin de faire appel à Sebastian et passe alors un contrat avec lui.