Murakawa, le bras droit du chef yakuza Kitakima est appelé d'urgence afin venir en aide au clan Anan en guerre contre un clan rival. Murakawa qui était sur le point de prendre sa retraite perd plusieurs hommes après un attentat à la bombe et une fusillade. Pour se protéger, il se réfugie sur Okinawa avec quelques hommes dans une maison au bord de la mer, le temps que les choses se calment. Dans les premiers temps, ils s'ennuient et tentent de se divertir par plusieurs moyens, mais rapidement sous l'impulsion de leur chef, ces anciens yakuzas vont apprendre à s'occuper et à vivre simplement. Murakawa quant à lui, homme fatigué et désabusé, va réapprendre à profiter du moment présent grâce à cette pause improvisée. Il ignore pourtant que pendant ce temps là, son chef est en train d’opérer un rapprochement stratégique avec le groupe rival, alors lorsqu'il découvre la vérité il décide de se venger et abat tous ceux qui l'ont trahi.

Un chef de gang a disparu, ainsi qu'une énorme somme d'argent qu'il avait en sa possession. Ses hommes se mettent à sa recherche, pensant d'abord à un coup d'une bande rivale. Mais ils découvrent rapidement que c'est un tueur professionnel qui se cache derrière toute cette affaire.

En 1614, les Shoguns règnent sur le Japon depuis que l'un d'eux a réussi à unifier tous les clans du pays. Seulement, la paix leur semble menacée par l'existence de deux villages isolés, Iga et Koga. En effet, ils sont le terrain d'entrainement des plus mystérieux mais néanmoins meilleurs Shinobis du pays. Malheureusement, ils sont aussi ennemis depuis plusieurs siècles. Malgré tout, l'amour naît parmi la haine des combattants de ces villages. Oboro, du clan Iga, et Gennosuke, du clan Koga, se sont rencontrés, et aimeraient ne plus se séparer. Mais pour cela il leur faut trouver le moyen d'unifier leurs clans. C'est sans compter sur l'espoir du premier Shogun : afin de pacifier la région il organise un combat à mort entre les cinq meilleurs Shinobis des deux clans. Oboro et Gennosuke en sont les chefs. Les deux amoureux devront choisir.

Recrutée par une agence policière secrète et clandestine, "K" a pour première mission de s'infiltrer au sein d'un groupe d'élèves venant d'une des écoles les plus prestigieuses du pays, ceux-ci étant en fait des terroristes anarchistes voulant plonger le Japon dans le chaos. Equipée de son yo-yo d'attaque en métal, elle s'installe alors dans l'université...