Based on the "2.26 Incident", an attempted coup d'état in Japan 1936, launched by radical ultra-nationalist parts of the military. Several leading politicians were killed and the center of Tokyo was briefly held by the insurgents before the coup was suppressed.

Au début des années 90, un réparateur de tracteurs chinois entre de façon illégale au Japon à la recherche de sa petite amie Xiu Xiu. Surnommé Steelhead, celui-ci commence à travailler avec son nouvel ami Jie à Shinjuku, un quartier très vivant de Tokyo, en acceptant les petits boulots au jour le jour. Quand il finit néanmoins par apprendre que sa promise est désormais mariée à Eguchi, un leader des yakuzas, il décide de rester au Japon. Pour veiller alors sur elle tout en obtenant la nationalité japonaise, il entre sous les ordres de Eguchi et devient un tueur à gages mais, bientôt, il s'est tant imprégné du pouvoir et du monde des yakuzas qu'il lui semble ne plus être possible de faire demi-tour...

Recrutée par une agence policière secrète et clandestine, "K" a pour première mission de s'infiltrer au sein d'un groupe d'élèves venant d'une des écoles les plus prestigieuses du pays, ceux-ci étant en fait des terroristes anarchistes voulant plonger le Japon dans le chaos. Equipée de son yo-yo d'attaque en métal, elle s'installe alors dans l'université...