Au Japon, le lieutenant colonel Yuki recommande la création d'une école d'entraînement pour les espions, que l'on appellera "D Kikan". Kato, après avoir refusé de suivre l'ordre d'un supérieur, doit faire face à sa punition. Il est ainsi envoyé dans l'école "D Kikan", où il reçoit un dur entraînement. Puis, enfin, il doit accomplir sa première mission en tant qu'espion : récupérer des documents confidentiels nommés "Black Note", appartenant à l'ambassadeur américain Graham. Kato s'infiltre. Une bataille commence alors entre Kato, une mystérieuse femme nommée Rin, les espions britanniques, les espions soviétiques, et l'armée radicale japonaise.