Yûgi, un jeune garçon, est fasciné par un jeu de cartes en vogue dans le pays. Ce jeu renferme de mystérieuses énergies antiques qui peuvent changer le cours de l'Histoire. Une force maléfique, enfouie depuis des millénaires dans les sables d’Égypte, vient de se réveiller. Autrefois vaincu par le double de Yûgi - le Pharaon -, Anubis revient sur Terre avec la ferme intention de se venger. Il est prêt à anéantir Yûgi et à prendre possession de la planète…

Abandonnés après une énième guerre mondiale, deux mercenaires - Deunan et son partenaire cyborg, Briareos - sont envoyés en mission aux abords d’une ville ravagée par les combats. Pendant l’opération, ils croisent le chemin d’Iris et Olson, deux citoyens de la ville utopique d’Olympe qui ont peut être un plan pour sauver le monde, mais l’impitoyable Thalos et le seigneur de guerre Two Horns ont leur propre idée derrière la tête. C’est à Deunann et Briareos qu’il incombera de protéger leurs nouveaux amis et sauver le dernier espoir de l’humanité.

Le film se déroule une année après la fin de Yu-Gi-Oh! Duel Monsters. Yugi et Kaiba acceptent de coopérer en pariant leurs fiertés dans un duel.

Le parti de Kazuma est soudainement alerté par une lettre scandaleuse livrée par Yunyun. La lettre leur demandait de venir au village du Crimson Demon Clan. Le groupe se présente et des problèmes surgissent lorsqu'un général ennemi arrive !