Songohan et Videl jouent les justiciers masqués. Ils sont appelés pour sauver un vieil homme, sur le point de sauter dans le vide. Une fois sauf, l'homme nommé Hoy demande l'aide de Songohan pour ressusciter Tapion, le héros qui a sauvé la planète Conut, il y a mille ans de cela. Pour ce faire, il suffit de faire sortir un son de la boîte à musique dans laquelle a été enfermé le héros. Selon Hoy, la Terre court un grand danger...

Asuka et Mari sont envoyées dans l'espace, pour y récupérer un mystérieux tesseract. Mais en pleine mission, elles sont attaquées par les anges de la SEELE. Soudain, les cris d'Asuka, qui se trouve en difficulté, provoquent l'éveil de la créature contenue dans le tesseract... Pendant ce temps, sur Terre, Kaworu Nagisa s'impatiente de faire enfin connaissance avec Shinji Ikari...

Sous l'attaque constante de monstrueuses créatures appelées Ange, qui cherchent à éradiquer l'humanité, l'agence spéciale NERV des Nations Unies, ajoute deux nouveaux pilotes d'EVA pour aider à défendre la ville de Tokyo-3 : la mystérieuse Mari Illustrious Makinami et l'intense Asuka Langley Shikinami. Pendant ce temps, Gendo Ikari et la SEELE avancent en secret sur un projet qui concerne Rei et Shinji.

Shinji Ikari, quatorze ans, se rend à Tokyo-3 sur invitation de son père, qu'il n'a pas revu depuis ses 3 ans. Il est loin de se douter qu'il sera impliqué dans un conflit qui pourrait bien signifier la fin de l'humanité quoi qu'il arrive…

« The End of Evangelion » est un film divisé en deux parties (« Love is Destructive » et « One More Final: I need you ») proposant une conclusion alternative à de la série « Neon Genesis Evangelion ». Alors que la NERV, le dernier rempart contre les Anges, est assailli par les militaires qui massacrent tout sur leur passage, Asuka mène un combat sans merci contre les neuf EVA. Le monde se prépare à subir le Troisième Impact.