Un certain Melvin, alchimiste maîtrisant l’eau, s’échappe de la prison de Central City. Ed et Al partent à sa recherche à Table City où une chimère loup les accueille. Ils font également la connaissance de la très jeune Julia, originaire de Milos, qui souhaite retrouver les assassins de son père…

Après une catastrophe écologique, la terre se trouve séparée en 2 mondes inversés ignorant tout l'un de l'autre. Dans le monde souterrain, Patéma, 14 ans, adolescente espiègle et aventurière rêve d'ailleurs. Sur la terre ferme, Age, lycéen mélancolique, a du mal à s'adapter à son monde totalitaire. Le hasard va provoquer la rencontre des 2 adolescents en défiant les lois de la gravité.

L'histoire se déroule en 2314, soit deux ans après la défaite des A-Laws et des Innovades menés par Ribbons Almark lors de la saison 2 de Gundam 00. Les Celestial Beings continuent de veiller sur la paix fragile qui s'est installé. Sur Terre, Saji Crossroad continue de veiller au chevet de Louise Halevy qui est toujours hospitalisée suite au traumatisme vécu lors de la dernière guerre, alors que dans l'espace, la princesse Marina Ismail et Shirin Bakthiar du Royaume d'Azadiztan supervisent la construction d'une nouvelle colonie spatiale. Un vaisseau d’exploration abandonné il y a 130 ans à côté de Jupiter a quitté son orbite et retourne vers la Terre. Le vaisseau est détruit mais des débris retombent sur Terre et d'étranges phénomènes commencent alors à se produire. Afin de mettre un terme à la guerre qui se prépare, Setsuna F. Seiei devra découvrir le véritable but de son évolution en tant qu’Innovator et ce à quoi Aeolia Schenberg comptait préparer l’humanité.