Au Japon, deux prisonniers en fuite, matricule KSC2-303 et un voisin de cellule, courent dans une forêt mystérieuse où ils ont donné rendez-vous à leurs complices. À leur arrivée, une voiture approche. Cinq yakusas en sortent. Les deux fugitifs sont pressés de partir, mais on leur donne l'ordre d'attendre le chef du gang. Les yakusas font descendre une jeune femme qu'ils commencent à frapper. KSC2-303 lui porte secours, s'empare d'un pistolet et abat un gangster. On le croyait mort, mais tel un zombie, il se relève et saute sur l'un de ses acolytes. Abasourdis par ce qu'ils voient, les tueurs criblent de balles le mort-vivant qui finit par s'écrouler. Profitant de la panique, KSC2-303 s'enfuit avec la demoiselle dans la forêt.
Rika, une assistante sociale, se rend dans une maison sur laquelle pèse une malédiction, pour s'occuper de Sashie, une vieille dame alitée. Elle y découvre un petit garçon enfermé dans un placard, avant d'être agressée par un esprit malfaisant. Quelques jours auparavant, Hitomi, le fils de Sashie, s'était également fait attaquer par le spectre après avoir été témoin de l'apparition du même petit garçon. Lorsque la soeur d'Hitomi débarque à son tour, elle découvre une Rika en état de choc. Intervient alors Toyama, un policer chargé d'enquêter quelques années plus tôt sur la tragédie qui a secoué cette demeure maudite : un homme y avait tué sa femme, et leur jeune fils n'a jamais été retrouvé...
L'équipe de Base-ball de Seïdo High désire plus que tout remporter le légendaire tournoi de baseball junior, mais pour cela, il va falloire affronter l'équipe Gedo High, composée de zombies arracheurs de têtes. Afin d'avoir ses chances, l'équipe de Seïdo engage une nouvelle recrue, Jubei Yakyû. Une bataille à mort va alors commencer sur le terrain de Base-ball.
Ryu est une fille solitaire, son air fragile contraste avec la double vie qu'elle mène: la nuit elle travaille dans une halle à marées à Tokyo et occasionnellement elle est recrutée comme tueuse à gages. Monsieur Nagara est un entrepreneur puissant, affligé par la mort de sa fille Midori qui s'est suicidée. Il rend responsable de ce suicide David, un homme d'origine espagnole qui tient un commerce de vins à Tokyo. Ishida, un employé de monsieur Nagara qui aimait Midori en silence, engage Ryu pour tuer David... Un ingénieur du son, obsédé par les bruits de la ville japonaise et fasciné par Ryu, est le témoin muet de cette histoire d'amour qui s'infiltre dans les ombres de l'âme humaine là où seul le silence est éloquent.
Sur l'île d'Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu'un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito, découvre le corps d¹un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l'aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adulte et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l'amour…