Après la Seconde Guerre Mondiale, le Japon se retrouve divisé et occupé par deux forces rivales. Alors que l'Hokkaido est annexé par l'Union, les autres îles sont gouvernées par des forces américaines. Trois amis de la zone américaine, fascinés par une énigmatique tour érigée par l'Union, se sont fait la promesse de construire un avion et de lever le voile sur le mystère entourant la tour. Ce projet échoue lorsque l'un d'eux disparaît....

Deux prisonniers incarcérés sur "Dead Leaves", une cité-prison nichée sur les restes de la Lune, tentent de s'évader.

Un certain Melvin, alchimiste maîtrisant l’eau, s’échappe de la prison de Central City. Ed et Al partent à sa recherche à Table City où une chimère loup les accueille. Ils font également la connaissance de la très jeune Julia, originaire de Milos, qui souhaite retrouver les assassins de son père…

Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan. En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux. Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.