Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…
Sur une Terre ravagée par un holocauste nucléaire, les plus forts sont appelés à survivre. Les plus grandes écoles d'art martiaux telles que le hokuto et le nanto sont les seules à pouvoir former les champions d'un nouvel ordre. Mais l'ambition conduit nombre d'entre eux à vouloir dominer ce monde de chaos et de misère. C'est le cas de Raoul qui s'auto proclame Roi du Hokuto. Un seul homme est capable de le vaincre : Ken. Laissé pour mort et couvert des sept cicatrices, il part à la recherche de sa bien-aimée Julia...
Le 1er avril 2011, Kamen Rider OOO se retrouve en train de combattre trois Mole Imagin , ignorant qu'ils sont Imagin jusqu'à ce qu'Ankh arrive pour confirmer que les monstres ne sont pas des Yummies. Les trois Imagin voient un garçon et sautent sur lui pour s'échapper dans le temps avant que le DenLiner n'apparaisse soudainement. Kotaro Nogami et Teddy émergent du train pour localiser la destination de Mole Imagin le 11 novembre 1971, confus sur la façon dont les souvenirs du garçon dépassent cette époque. Quand Ankh demande des réponses, Teddy explique qui lui et Eiji Hino sont à Kotaro, qui se présente alors en expliquant leur mission pour faire face à l'escroc Imagin qui perturberait l'écoulement du temps. Ankh demande à Eiji de rejoindre le DenLiner alors qu'il remonte le temps, averti par le propriétaire du DenLiner de rester dans le train afin de ne pas perturber le temps.
Jeune lycéen, Hodaka fuit son île pour rejoindre Tokyo. Sans argent ni emploi, il tente de survivre dans la jungle urbaine et trouve un poste dans une revue dédiée au paranormal. Un phénomène météorologique extrême touche alors le Japon, exposé à de constantes pluies. Hodaka est dépêché pour enquêter sur l'existence de prêtresses du temps. Peu convaincu par cette légende, il change soudainement d'avis lorsqu'il croise la jeune Hina…
La galaxie est divisée en deux factions opposées : l’Empire galactique et l’Alliance des planètes libres. Le film suit l’affrontement extérieur et les rivalités internes des troupes des deus plus grands commandants dans les deux camps, Reinhart Von Musel pour l’Empire et Yan Wanglee pour l’Alliance.