L'action de 747 en péril se situe à bord d’un avion de type Boeing 747 de la compagnie fictive Columbia Airlines entre Washington et Los Angeles. Afin d'éviter l'épaisse nappe de brouillard qui recouvre Los Angeles, le commandant Stacy reçoit l'ordre d'atterrir à Salt Lake City. Lors de la descente vers l’aéroport, une collision avec un petit avion de tourisme dont le pilote vient de mourir d'une crise cardiaque, éjecte le copilote et tue le mécanicien navigant se trouvant dans le poste de pilotage du Boeing 747. Seul survivant, le commandant Stacy gravement blessé et incapable de se maintenir aux commandes.
Nouvelle‐Angleterre, au début du XXᵉ siècle. Peter, un orphelin de neuf ans, s’échappe de sa famille adoptive qui le maltraite. Son seul ami, un dragon de cartoon nommé Elliott, a le pouvoir de devenir invisible quand bon lui semble. Les deux camarades arrivent dans une petite ville côtière et trouvent refuge chez le gardien du phare. Ensemble, ils vont vivre d’incroyables aventures et devront affronter le terrible Docteur Terminus qui veut mettre la main sur Elliott…