Depuis le blocus de la planète Naboo par la Fédération du commerce, la République, gouvernée par le Chancelier Palpatine, connaît une véritable crise. Un groupe de dissidents, mené par le sombre Jedi comte Dooku, manifeste son mécontentement envers le fonctionnement du régime. Le Sénat et la population intergalactique se montrent pour leur part inquiets face à l'émergence d'une telle menace.Certains sénateurs demandent à ce que la République soit dotée d'une solide armée pour empêcher que la situation ne se détériore davantage. Parallèlement, Padmé Amidala, devenue sénatrice, est menacée par les séparatistes et échappe de justesse à un attentat. Le Padawan Anakin Skywalker est chargé de sa protection. Son maître, Obi-Wan Kenobi, part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d'une mystérieuse armée de clones...
Il y a bien longtemps, dans une galaxie très lointaine... La République connaît de nombreux tourments : la corruption fait vaciller ses bases, le Sénat s'embourbe dans des discussions politiques sans fin et de nombreux pouvoirs dissidents commencent à émerger, annonçant la chute d'un système autrefois paisible. Puissante et intouchable, la Fédération du Commerce impose par la force la taxation des routes commerciales. Refusant de céder, la pacifique planète Naboo, dirigée par la jeune Reine Amidala, subit un blocus militaire de la Fédération. Dépêchés par le Sénat pour régler cette affaire, les chevaliers Jedi Qui-Gon Jinn et Obi-Wan Kenobi découvrent qu'une véritable offensive de la Fédération est imminente. Libérant la Reine et ses proches, ils quittent la planète mais doivent se poser sur Tatooine pour réparer leur vaisseau...