Togakure Kyoko est une journaliste qui vit seule avec son bébé après son divorce avec Yuichi. Elle rend visite au professeur Morikawa avec lequel elle a travaillé par le passé mais malheureusement, elle retrouve celui-ci mort. Cela semble être un suicide : l'homme s'est percé les yeux et a laissé une note étrange : Mizuchi (l'eau des morts). Kyoko décide alors de mener l'enquête mais les preuves matérielles font défaut. Pendant ce temps-là, la vague de suicide accompagnée d'yeux crevés semble continuer. Après avoir fait des recherches, Kyoko se rappelle de son entretien avec le professeur Morikawa et retrouve ainsi la signification de cette "eau des morts". L'explication la plus envisageable paraît être une malédiction qui pèse sur les personnes buvant l'eau du robinet provenant de la fontaine Yomi. Malédiction qui tire son origine d'un ancien mythe sur l'origine du Japon et la Mère Créatrice...

Tokyo Sonata dresse le portrait d'une famille japonaise ordinaire.Le père, licencié sans préavis, le cache à sa famille.Le fils ainé est de plus en plus absent.Le plus jeune prend des leçons de piano en secret.Et la mère, impuissante, ne peut que constater qu'une faille invisible est en train de détruire sa famille.