Une mystérieuse organisation du nom de Panther Claw enlève des jeunes filles à travers tout le Japon afin de puiser leur énergie et ainsi rendre jeunesse et beauté à son chef Sister Jill. La police se montre impuissante et seule une jeune fille semble à même de les arrêter. Grâce à l'invention de son père, l'I-System, elle peut se transformer en qui elle veut. Tour à tour employée de bureau, pilote de moto, musicien de rue ou officier de police, elle s'ingénie à déjouer les plans de Panther Claw. Son nom ? La guerrière de l'amour… Cutie Honey !
XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme. Au terme d’un dangereux voyage, ils découvrent un pays où le christianisme est décrété illégal et ses fidèles persécutés. Ils devront mener dans la clandestinité cette quête périlleuse qui confrontera leur foi aux pires épreuves.