Une nouvelle vie commence pour Evan Baxter, sa femme Joan et leurs trois fils. Fraîchement élu député de New York, et bien décidé à marquer l'histoire de son pays, l'ex-présentateur vedette demande à Dieu de l'aider à "changer le monde", sans se douter qu'il a déjà été choisi pour une mission de la plus haute importance... Lorsque le député Long - un des hommes les plus influents de Washington - lui propose une alliance, le naïf Baxter est convaincu que sa prière a été entendue. Mais des événements déroutants ne tardent pas à semer le trouble dans sa famille et au sein de sa fidèle équipe. Pourquoi ces livraisons d'outils préhistoriques et de madriers ? Pourquoi cet afflux ininterrompu d'oiseaux et de mammifères de toutes espèces qui chaque jour envahissent un peu plus le voisinage ? Et pourquoi Evan s'est-il cru obligé de troquer son costume pour une longue tunique ?
Les vacances s'achèvent pour Ben Tennyson, sa cousine Gwen et leur Grand-père Max. A la fin de l'été où Ben a découvert l'Omnitrix tous trois retournent pour la rentrée à leur ville natale de Belwood, au désespoir de Ben, qui doit donc arrêter de jouer les super-héros pour reprendre une vie normale. Cependant, cette fin n'est pas aussi calme qu'il l'aurait cru : Eon, un très ancien extra-terrestre capturé jadis par les Plombiers, s'échappe de sa prison. Il souhaite à présent retrouver Ben et l'Omnitrix pour un plan destiné à permettre une invasion de son peuple sur Terre...