Le film se concentre sur l'histoire du Battlestar Pegasus, il se passe juste après la promotion de Lee Adama en tant que commandant du Battlestar Pegasus (saison 2, épisode 17, "Une main de fer"), de fréquents flashbacks montrent les événements vus du Pegasus entre l'attaque des Cylons et le présent, deux flashbacks montrent des événements de la première guerre contre les Cylons (un sur l'amiral Helena Cain, fuyant l'attaque des Cylons sur Tauron alors que sa petite sœur était tuée par les machines, un autre sur la découverte d'un centre de recherche Cylon visant à fabriquer un hybride cylon/humain).

Un adolescent peu à l'aise en société vit un quotidien difficile dans son école publique. Un jour, il tombe amoureux d'une fille unijambiste.

La petite Chloe n'a jamais quitté le confort relatif de la maison familiale, maintenue à l'écart du monde extérieur par son père. Ultra-protecteur et limite inquiétant, celui-ci lui répète qu'elle est différente, que tout ce qui se trouve de l'autre côté de la porte d'entrée représente une menace. Attirée par la musique du marchand de glaces en bas de la rue, Chloe va braver l'interdit paternel et découvrir la vérité sur sa condition.