L'histoire se déroule vers 2050, à bord du Phaeton, premier vaisseau de la Terre, sur un trajet de dix ans pour explorer les environs du système solaire Epsilon Eridani. Afin d'aider les 12 membres d'équipages à supporter la longue mission, un système de réalité virtuelle, les modules, sont installés à bord du navire. Ces modules, qui sont portés comme des lunettes permettent à l'équipage d'assumer diverses identités et de profiter d'une variété d'aventures pour pouvoir surmonter l'absence d'intimité sur le Phaeton.

"X-Men : Le Commencement" nous entraîne aux origines de la saga X-Men, révélant une histoire secrète autour des événements majeurs du XXe siècle. Avant que les mutants n’aient révélé leur existence au monde, et avant que Charles Xavier et Erik Lehnsherr ne deviennent le Professeur X et Magneto, ils n’étaient encore que deux jeunes hommes découvrant leurs pouvoirs pour la première fois. Avant de devenir les pires ennemis, ils étaient encore amis, travaillaient avec d’autres mutants pour empêcher la destruction du monde, l’Armageddon. Au cours de cette opération, le conflit naissant entre les deux hommes s’accentua, et la guerre éternelle entre la Confrérie de Magneto et les X-Men du Professeur X éclata…

Steve Rogers est désormais à la tête des Avengers, dont la mission est de protéger l’humanité. À la suite d’une de leurs interventions qui a causé d’importants dégâts collatéraux, le gouvernement décide de mettre en place un organisme de commandement et de supervision. Cette nouvelle donne provoque une scission au sein de l’équipe : Steve Rogers reste attaché à sa liberté de s’engager sans ingérence gouvernementale, tandis que d’autres se rangent derrière Tony Stark, qui contre toute attente, décide de se soumettre au gouvernement…

Astronaut Kathryn Voss, sole survivor of a disastrous space shuttle mission, is a distraught mother desperate to reunite with her terminally ill daughter but becomes a wanted fugitive after discovering she possesses an extraordinary gift.