Au XXIe siècle, une guerre nucléaire a transformé la plus grande partie de la surface de la Terre en désert, ce qui a également entraîné la contamination de l'approvisionnement en eau de la Terre. Un homme du nom de Sanga a construit le havre fortifié de la "Dernière Terre", où il gouverne comme son dictateur en monopolisant l'approvisionnement en eau non contaminée de la ville. Lorsqu'il apprend que les habitants du Freedom Village voisin essaient de creuser un puits pour le leur, Sanga envoie ses sous-fifres saboter leurs efforts. Kenshiro, maître de Hokuto Shinken, est impliqué dans le conflit entre les deux régions après avoir sauvé Tobi, un informateur embauché par Freedom Village.

Un mystérieux vagabond, accompagné d'un jeune guerrier japonais prénommé Yoshi, arrive dans une ville terrorisée par de dangereux criminels. Guidé par la sagesse du barman du saloon de la ville, le vagabond décide d'unir ses forces à celles de Yoshi pour mettre fin au règne corrompu de l'infâme Nicola et de sa compagne Alexandra, une femme fatale au passé trouble.