Dans un futur proche, un certain Logan, épuisé de fatigue, s’occupe d’un Professeur X souffrant, dans un lieu gardé secret à la frontière Mexicaine. Mais les tentatives de Logan pour se retrancher du monde et rompre avec son passé vont s’épuiser lorsqu’une jeune mutante traquée par de sombres individus va se retrouver soudainement face à lui.
Charley Thompson a 15 ans et a appris à vivre seul avec un père inconstant. Tout juste arrivé dans l’Oregon, le garçon se trouve un petit boulot chez un entraîneur de chevaux et se prend d’affection pour Lean on Pete, un pur-sang en fin de carrière. Le jour où Charley se retrouve totalement livré à lui-même, il décide de s’enfuir avec Lean on Pete, à la recherche de sa tante dont il n'a qu’un lointain souvenir. Dans l'espoir de trouver enfin un foyer, ils entament ensemble un long voyage…