Munich, 1943. Tandis que Hitler mène une guerre dévastatrice à travers l'Europe, un groupe d'étudiants forme un mouvement de résistance, La Rose Blanche, appelant à la chute du IIIème Reich. D'obédience pacifique, ces membres propagent des tracts antinazis, couvrant les murs de la ville de slogans, et invitent la jeunesse du pays à se mobiliser. Le 18 février, Hans Scholl et sa sœur Sophie - qui font partie du noyau dur du mouvement - sont aperçus par le concierge de l'université de Munich en train de jeter des centaines de tracts du haut du deuxième étage donnant sur le hall. Ils sont immédiatement appréhendés par la Gestapo et emprisonnés à Stadelheim. Durant les jours suivants, l'interrogatoire de Sophie Scholl est mené par l'agent de la Gestapo Robert Mohr. Un véritable duel psychologique s'engage...

Début du XXème siècle. Embarqué pour San Francisco, Humphrey tombe à la mer et est recueilli par un bateau. A bord, le capitaine refuse de le ramener à terre avant la fin de sa campagne de pêche. Condamné à patienter, Humphrey découvre la violence qui règne sur le navire et tente de mettre au point un plan pour s'évader...

Maria est une adolescente de 14 ans qui se prépare à faire sa Confirmation. Très pieuse, elle est élevée dans une famille catholique fondamentaliste. Ce qui ne manque pas d'intriguer un camarade d'école. Alors qu'elle se prépare activement à la cérémonie religieuse, elle s'investie de plus en plus dans la foi, se pose des questions sur le sens de son existence et ses défauts comme l'arrogance. De plus en plus mystique, elle ambitionne d'être une sainte. Sa mère a du mal à comprendre ses tourments...

En avril 1943, alors que sa femme attend un enfant, Hans Pippig est déporté au camp de concentration de Buchenwald. À son arrivée, le Kapo André Hofel (à la tête d’un réseau de résistants au sein du camp) le prend sous son aile, en souvenir de l’amitié qu’il portait à son père. Deux années passent et au printemps 1945, les alliés passent le Rhin. Quelques semaines avant la libération de Buchenwald, un Polonais, Marian, arrive au camp avec une valise dans laquelle Hans découvre un enfant juif de 3 ans, Stefan.

En 1988, Armin Glaser, lieutenant de la Stasi, vit à Karl-Marx-Stadt avec sa femme et leur fille Kati. Le jour où l’on diagnostique chez Kati une sclérose en plaques, la famille met tous ses espoirs dans un nouveau traitement prometteur, proposé par l’hôpital du district. Mais très vite, Armin perçoit dans le protocole des incohérences et des zones d’ombre, qui le rendent de plus en plus méfiant.