Depuis le blocus de la planète Naboo par la Fédération du commerce, la République, gouvernée par le Chancelier Palpatine, connaît une véritable crise. Un groupe de dissidents, mené par le sombre Jedi comte Dooku, manifeste son mécontentement envers le fonctionnement du régime. Le Sénat et la population intergalactique se montrent pour leur part inquiets face à l'émergence d'une telle menace.Certains sénateurs demandent à ce que la République soit dotée d'une solide armée pour empêcher que la situation ne se détériore davantage. Parallèlement, Padmé Amidala, devenue sénatrice, est menacée par les séparatistes et échappe de justesse à un attentat. Le Padawan Anakin Skywalker est chargé de sa protection. Son maître, Obi-Wan Kenobi, part enquêter sur cette tentative de meurtre et découvre la constitution d'une mystérieuse armée de clones...

Programmeur anonyme dans un service administratif le jour, Thomas Anderson devient Neo la nuit venue. Sous ce pseudonyme, il est l’un des pirates les plus recherchés du cyber‐espace. À cheval entre deux mondes, Neo est assailli par d’étranges songes et des messages cryptés provenant d’un certain Morpheus. Celui‐ci l’exhorte à aller au‐delà des apparences et à trouver la réponse à la question qui hante constamment ses pensées : qu’est‐ce que la Matrice ? Nul ne le sait, et aucun homme n’est encore parvenu à en percer les défenses. Mais Morpheus est persuadé que Neo est l’Élu, le libérateur mythique de l’humanité annoncé selon la prophétie. Ensemble, ils se lancent dans une lutte sans retour contre la Matrice et ses terribles agents…