L'appartement 1303 est situé au 13ème étage d'un grand bâtiment. La vue sur la mer est à couper le souffle, mais l'histoire de l'appartement est choquante. En effet, bon nombre de jeunes femmes s'y sont suicidées en se jetant du balcon et la tragédie est sur le point de se reproduire...

Tokyo, fin des années 60. Kizuki, le meilleur ami de Watanabe, s’est suicidé. Watanabe quitte alors Kobe et s’installe à Tokyo pour commencer ses études universitaires. Alors qu’un peu partout, les étudiants se révoltent contre les institutions, la vie de Watanabe est, elle aussi, bouleversée quand il retrouve Naoko, ancienne petite amie de Kizuki. Fragile et repliée sur elle-même, Naoko n’a pas encore surmonté la mort de Kizuki. Watanabe et Naoko passent les dimanches ensemble et le soir de l’anniversaire des 20 ans de Naoko, ils font l’amour. Mais le lendemain, elle disparaît sans laisser de traces. Watanabe semble alors mettre sa vie en suspension depuis la perte inexplicable de ce premier amour. Lorsqu’enfin il reçoit une lettre de Naoko, il vient à peine de rencontrer Midori, belle, drôle et vive qui ne demande qu’à lui offrir son amour.

Après la capitulation japonaise, et tandis qu'il tente de retrouver son amour de jeunesse dans un pays dévasté, un général de l'équipe MacArthur est chargé de décider s'il faut juger et condamner l'empereur Hirohito pour crimes de guerre.