Shinichi est devenu plus fort et continue, aidé par Miggy, la parasite ayant pris le contrôle de sa main droite, sa traque sans relâche des parasites pour les exterminer et protéger les humains. Tamiya Ryoko le fait suivre par Kuramori, un journaliste freelance, pour observer son évolution, elle-même développant de plus en plus d’humanisme au fur et à mesure qu’elle élève son bébé Cependant la frange dure des parasites, incarnée par le maire Hirakawa et par Goto, s’inquiète des actes de Shinichi et remet en cause la façon de faire de Tamiya.

Depuis des milliers d’années, l’Homme se trouve au sommet de la chaîne alimentaire. Jusqu’à ce jour où de mystérieuses sphères, abritant d’étranges parasites, se répandent un peu partout sur Terre. Rapidement, les entités prennent possession de certains habitants. Nul ne sait d’où elles viennent, mais ce qui semble certain, c’est qu’elles sont là pour débarrasser le monde de l’espèce humaine. Shinichi, jeune lycéen, est un « hôte » dont le cerveau a miraculeusement été épargné : et pour cause, Migi, son parasite, a pris possession de son bras droit ! Ce cas exceptionnel va déboucher sur une singulière cohabitation. Car au-delà de la fusion physique opérée entre Migi et Shinichi, qui partagent désormais le même corps et la même vie, va se développer un lien d’attachement particulier.

Au cœur du Japon, Yusuke convie sa compagne Mizuki à un périple à travers les villages et les rizières. A la rencontre de ceux qu'il a croisés sur sa route depuis ces trois dernières années, depuis ce moment où il s'est noyé en mer, depuis ce jour où il est mort. Pourquoi être revenu ?