Un orphelin de guerre est trouvé dans les rues de Tokyo et est envoyé en pension chez une veuve d'une cinquantaine d'années, Tané. Ayant du mal à supporter la présence de cet enfant au début, Tané se met peu à peu à l'aimer et est désespérée lorsque le père de l'enfant est retrouvé…

Kyoto, au XVIIe siècle. Ishun est un grand parcheminier qui vit avec sa seconde épouse, Osan, plus jeune. Cette dernière ne l'a épousé que pour sauver sa famille du déshonneur. Amoureuse du secrétaire de son mari, qui doit fuir après avoir commis une escroquerie, elle le rejoint. Tous deux s'unissent pour tenter d'échapper à leur destin tragique : la crucifixion qui châtie l'adultère.

Seul rescapé de l'attaque d'un navire de pêche par des insectes géants, Hiroshi Okumura révèle que ces monstres ont été libérés suite au réveil d'un monstre géant, qu'il reconnaît comme étant Godzilla. Ce dernier détruit un sous-marin nucléaire russe dont il se nourrit de l'énergie, jusqu'à atteindre la taille de 80 mètres. Il se dirige ensuite vers Tokyo.

À la fin du XVIe siècle, sur les rives du lac Biwa, les guerres féodales font rage. Le potier d’un village, Genjuro, et son beau-frère Tobei décident de rejoindre la ville, l’un rêvant de faire fortune, l’autre de devenir samouraï. Sur un marché, Genjuro rencontre la princesse Wakasa qui s’émerveille devant ses créations. Elle l’invite dans son château : ils deviennent rapidement amants, jusqu’au jour où Genjuro découvre que la princesse est un fantôme…