Le jeune Jim accompagne de son petit frère et de sa souris familière part à la recherche d'un fabuleux trésor. Mais en mer, un bateau pirate les fait prisonniers.

Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…

Des vaisseaux spatiaux disparaissent mystérieusement dans l'espace. Le capitaine Flam se fait passer pour un jeune pilote afin d'enquêter sur cet étrange phénomène. Il découvre alors qu'un grand complot se prépare, menaçant tout le système solaire.