Ancien malfrat, Gary (Gal) Dove vit une retraite paisible sur la Costa Del Sol espagnole, avec son épouse adorée DeeDee. Il a définitivement tiré un trait sur un métier qui lui a coûté des années d'emprisonnement. Mais son avenir est de nouveau remis en cause par l'irruption d'un de ses anciens compagnons d'armes, Don Logan. Celui-ci est prêt à tout pour l'obliger à participer à un dernier coup à Londres...

Une cyber-attaque révèle l’identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets. Rappelé de sa retraite, il plonge tête la première dans sa mission : découvrir qui est le génie du piratage qui se cache derrière ces attaques. Avec ses méthodes obsolètes Johnny English doit relever les défis de la technologie moderne pour assurer la réussite de sa mission.