Stanley Milgram et son expérience d'obéissance à l'université de Yale en 1961 : des personnes ont été persuadées qu'elles envoyaient des décharges électriques puissantes à de parfaits inconnus.

Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’apprêtent à défier Shredder et son nouveau gang, ils doivent rapidement faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !

Sur deux époques distinctes, les parcours de Ben et Rose. Ces deux enfants souhaitent secrètement que leur vie soit différente ; Ben rêve du père qu'il n'a jamais connu, tandis que Rose, isolée par sa surdité, se passionne pour la carrière d'une mystérieuse actrice. Lorsque Ben découvre dans les affaires de sa mère l’indice qui pourrait le conduire à son père et que Rose apprend que son idole sera bientôt sur scène, les deux enfants se lancent dans une quête à la symétrie fascinante qui va les mener à New York.