Peu après sa naissance, un petit garçon dont les parents viennent de décéder est recueilli par une guenon en pleine jungle d'Afrique équatoriale.

Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new‐yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d’affronter le terrible Shredder dont le but avoué est d’asservir le monde.